HAMER logosunun teması Prof. Dr. Zafer Öztek ve Doç. Dr. Hakan Altıntaş tarafından belirlenmiştir. Hacettepe Üniversitesi Güzel Sanatlar Fakültesi Grafik Bölümü yüksek lisans öğrencisi Banu Bulduk logoyu çizmiştir. Logo, HAMER’in amaçları doğrultusunda sunacağı hizmetlerin alıcılara iletilmesini simgelemektedir.

HAMER logosu, HAMER Yönetim Kurulu tarafından 16 Ekim 2008 günü, Yönetim Kurulu’nun 1 no’lu toplantısında kabul edilmiştir. H.Ü. Rektörü Prof. Dr. Uğur Erdener’in 16.01.2009 tarih ve 436-180 sayılı yazısı ile Merkezin resmi logosu olarak kullanılmaya başlanmıştır.

Hacettepe Üniversitesi Senatosu, 26 Nisan 2012 tarihli 7. oturumunda HAMER yönetmeliği ve logosu ile ilgili değişiklikleri onaylamıştır (Karar Sayısı: 2012-107). Senato kararının, 15 Mayıs 2012 (Salı) tarih ve 28293 sayılı Resmi Gazete’de yayınlanması ile bu değişiklikler yürürlüğe girmiş ve Banu Bulduk tarafından yeniden düzenlenen logo Merkezin resmi logosu olarak kullanılmaya başlanmıştır.